W zakresie działań chirurgicznych w jamie ustnej przeprowadzane są najczęściej ekstrakcje (usunięcie) zęba, resekcje (odcięcie fragmentu) zęba, hemisekcje (odcięcie połowy zęba) czy radektomie (odcięcie korzenia zęba). Usuwane czy odcinane są zęby lub ich fragmenty zupełnie nieprzydatne, a których pozostawienie wiąże się z rozwojem stanów zapalnych. Wszystkie zabiegi chirurgiczne współczesna stomatologia zaleca wykonywać w sposób jak najmniej inwazyjny i obciążający.
Specjalne mikrochirurgiczne instrumentarium i praca w powiększeniu pozwalają delikatnie usunąć zatrzymane ósemki czy też odsłonić np. zatrzymane kły na potrzeby leczenia ortodontycznego. Minimalnie inwazyjne operowanie nie wyłącza Pacjenta z normalnego i/lub zawodowego funkcjonowania.
Chirurgia stomatologiczna zajmuje się także korektą nieprawidłowych przyczepów wędzidełek warg czy języka (frenulotomia). Nieprawidłowy przyczep wędzidełka wargi górnej powodować może powstanie nieestetycznej przerwy między siekaczami centralnymi i predysponować powstawanie zapaleń przyzębia w tej okolicy. Zabiegi takie można wykonywać również przy użyciu elektrokoagulacji uzyskując natychmiastową hemostazę. Zabiegami łączącymi chirurgię z implantologią są techniki odbudowy miejsca po usuniętym zębie w celu zachowania warunków do implantacji jak też odbudowy (augmentacji) wyrostka zębodołowego w celu wprowadzenia implantów. Metody powyższe wiążą się najczęściej ze stosowaniem materiałów kościozastępczych odbudowujących tkanki.
Częstym zabiegiem stosowanym w skojarzeniu z leczeniem implantologicznym jest podniesienie dna zatoki szczękowej. Zatoka szczękowa jest dodatkową przestrzenią oddechową – magazynem powietrza powyżej korzeni zębów górnych. W przypadku, gdy po usunięciu zęba zatoka powiększa się do rozmiarów uniemożliwiających osadzenie implantu pożądanej długości, możemy przeprowadzić zabieg przesunięcia wyżej jej ruchomego dna. Wykorzystywane są do tego także biomateriały, a zabieg ten może być wykonany razem z pogrążeniem implantów lub przed implantacją.